Секретариат является исполнительным органом, подотчетным Руководящему Комитету. Ежедневно он работает для поддержки деятельности Руководящего Комитета и Форума в целом и служит центром информации, координации и экспертизы ФГО ВП для заинтересованных сторон в ЕС и странах Восточного Партнерства. Секретариат обеспечивает большую наглядность деятельности Форума, его национальных платформ и рабочих групп, а также увеличивает вклад гражданского общества в процесс реформ в регионе Восточного Партнерства. Он поддерживает связь с Европейской комиссией, Европейской службой внешних действий, другими учреждениями ЕС и брюссельскими организациями от имени Форума.

Вместе с Руководящим комитетом Секретариат разрабатывает информационные и коммуникационные кампании по вопросам, имеющим важное значение для Форума, и анализирует изменения в политике, обеспечивая при этом дальнейшее информирование членов Руководящего Комитета, участников Форума и широкой общественности.